Персонажам игроков предлагается взять на себя роль команды (точнее, командиров — полная команда космического корабля в мире WH40K исчисляется тысячами) торгового корабля (который с тем же успехом может быть также пиратским кораблем, кораблем контрабандистов и совмещать с основной функцией прочие теневые операции). Вынесенные в название вольные торговцы — особая каста внутри Империума, получившая наследственный патент на торговые операции фактически без ограничений (в том числе и за пределами Империума, что по меркам сеттинга почти неслыханно) и представляющие собой торговую аристократию. Карьеры, доступные для игроков — собственно вольный торговец, навигатор корабля, архи-милитант (глава корабельной службы безопасности и, фактически, небольшой личной армии торговца), старший астропат (псайкер, способный общаться через космические расстояния), эксплоратор (техножрец-исследователь, заботящийся о корабле и ищущий утраченные технологии), миссионер, сенешаль (дипломат и первый помощник по коммерческим делам) и мастер бездны (void master) - космический специалист, офицер, отвечающий за управление кораблём в полёте.

По сравнению с Dark Heresy, где персонажам предлагалось играть за выдающихся, но всё же более-менее обычных граждан Империума, персонажи Rogue Trader изначально обладают заметно большими силами и ресурсами (авторы утверждают, что полностью развитый персонаж Dark Heresy, не считая дополнения Ascension, специально посвященного предельному усилению персонажей, будет примерно равен по силе стартовому персонажу Rogue Trader). В распоряжении персонажей с самого начала находятся огромные финансовые средства, редкие технологии и космический корабль, а под началом — сотни (а чаще даже тысячи) людей.

Как и базовая книга Dark Heresy, базовая книга Rogue Trader содержит описание предлагаемой части сеттинга - Koronus Expanse, малоисследованной и опасной части космоса на границе с сектором Каликсида (Calixis Sector, базовой части сеттинга для Dark Heresy). Хотя людские миры попадаются на этой территории, она не является полноценной частью Империума, а активность ксеносов на этой территории заметно выше.

В общих чертах механика Rogue Trader дублирует механику Dark Heresy. Как и ранее, основным броском является процентник, набор базовых параметров персонажа по-прежнему заимствован из wargame, сохраняется и принцип развития персонажа в рамках карьер, фактически — классовый подход, унаследованный от WFRP. Хотя львиная доля правил обратно совместима, существуют и пересмотренные моменты — так, например, полностью изменена система применения способностей псайкеров и последствия их провалов.

В механику добавлены обширные блоки по управлению космическим кораблем и космическому бою, а также по коммерческой деятельности персонажей. (При этом финансы, отличие от Dark Heresy считаются отдельно на двух «уровнях» — общий уровень богатства торговца и личные средства персонажей).